2003年10月13日，國務院發布了關于改革現行
出口退稅機制的決定。該決定強調，按照“不欠新賬，償還舊賬，改進機制，分擔負擔，推動改革，促進發展”的原則，中央政府將退還退稅，確保不會有新的欠款。改革開放后，將建立由中央和地方政府共同出資的新的出口退稅機制。該決定澄清了改革的具體內容。首先是適當降低
出口退稅率。二是加大對中央出口退稅的支持力度。自2003年以來，中央進口環節的增值稅和消費稅增量首先用于出口退稅。三是建立中央和地方政府共同承擔出口退稅的新機制。自2004年以來，根據2003年出口退稅指數，超額基數的退稅金額由中央和地方政府以75:25的比例分攤。四是推進外貿體制改革，調整出口產品結構。通過完善法律保障機制等，加快生產企業自營出口，積極引導外貿出口代理制度發展，降低出口成本，進一步提升中國商品的國際競爭力。同時，結合出口退稅率的調整，促進出口產品結構優化，提高出口整體效率。五是累計退稅由中央政府承擔。 2003年底累計企業的出口退稅和增值稅分享制度影響的財政收入均由中央政府承擔。其中，對于欠下的企業的出口退稅，中央政府自2004年起采取全額利息補貼辦法解決問題。
新的出口退稅機制有效解決了不合時宜的退稅問題。截至2004年11月20日，國家已經處理了2004年的出口退稅（免稅）稅1669億元，以及2003年12月31日前的出口退稅。所有申請2004年出口退稅申報的公司基本上可以在年底之前獲得退稅。應該說，新政策更好地解決了長期大量歷史退稅問題，實現了短期政策調整目標。無論是來自地方政府還是外貿企業，這種反映都是積極的，總體上給予了積極的評價。
新出口退稅機制運作中出現了一些新情況和新問題，主要原因是局部負擔不均衡，部分地區負擔沉重。有些地方甚至限制采購產品的出口，限制外資項目的進出口。為此，國務院于2005年8月發布了“國務院關于完善中央和地方出口退稅負擔機制的通知”。 “通知”指出，在堅持中央和地方政府共同承擔出口退稅的前提下，應完善現有機制，并將于2005年1月1日起實施。一是調整中央的比例和當地出口退稅。國務院批準的出口退稅基地不變，超基地的中央和地方基地按92.5：7.5的比例分攤。二是規范地方出口退稅分享方式。各?。ㄗ灾螀^，直轄市）應當根據實際情況，制定自己的省級出口退稅辦法，但不得將出口退稅負擔分解為鄉鎮企業;不得采取措施，限制出口產品出口等對外貿易的正常發展。省市財政解決了市縣出口退稅不平衡的問題。三是完善
出口退稅退稅方式。出口退稅將從中央政府退休，中央政府將取消地方政府的出口退稅基數。當地負擔將在年底解決。
